PHARMACOPHORES
Identifikasi
1.
Menentukan ikatan antara
gugus dengan molekul obat (3 Dimensi)
2.
Konformasi aktif suatu
molekul
3.
Gugus molekul yang akan
berikatan dengan reseptor
4.
Penting untuk desain obat
5.
Penting untuk penemuan obat
Pengetahuan tentang farmakofor,
ataupengaturan3D-fitur padamolekul biologis yang aktif bertanggung jawab atas aktivitas
farmakologisnya dapat membantu pencarian dan perancangan obat baru
Konsep farmakophore banyak digunakan
di zaman modern desain obat dan umumnya didefinisikan sebagai 3D mengatur fitur
tertentu dan yang bertanggung jawab untuk aktivitas melawan target protein
tertentu
Structural (2D) pharmacophore
3D pharmacophore
Mendefinisikan posisi relatif di ruang kelompok pengikat
penting
Ikatan Hidrogen → ikatan atom hidrogen dengan atom yang lain memiliki keelektronegatifan yang tinggi dan memiliki pasangan elektron bebas
NOTE: Generalized
bonding type farmakophore
Mendefinisikan posisi relatif di ruang interaksi penting yang penting yang diperlukan untuk aktivitas
1. Akseptor ikatan hidrogen
2. Donor ikatan hidrogen
3. interaksi van der Waals
4. Interaksi ionik
Mendefinisikan posisi relatif di ruang interaksi penting yang penting yang diperlukan untuk aktivitas
1. Akseptor ikatan hidrogen
2. Donor ikatan hidrogen
3. interaksi van der Waals
4. Interaksi ionik
Konformasi
aktif
Ø
Konformasi diadopsi oleh obat saat mengikat targetnya
Ø
Identifikasi konformasi aktif diperlukan untuk mengidentifikasi
farmakofor 3D
Ø
Analisis konformasional mengidentifikasi kemungkinan
konformasi dan stabilitasnya contoh : Dopamin ( bebas bergerak)
Ø
Lebih mudah membandingkan aktivitas analog yang
kaku
1.jelaskan bagaimana menetukan hba dari morfin seperti yang tertulis di artikel ini?
2.Apa peran studi farmakofor dalam drug design?
3.QSAR-3D banyak digunakan untuk menentukan aktivitas suatu senyawa. mengapa penggambaran 3D diperlukan dalam analisis QSAR?
4.Bagaimana hubungan antara Akseptor ikatan hidrogen dengan Donor ikatan hidrogen, Interaksi van der Waals dan Interaksi ionik ?
5 komentar:
saya akan menambahkan dari artikel di atas bahwa menurut yang saya baca yaitu Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkanuntuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.Bioisoster adalah gugus yang secara biologis ekivalen tetapi secara kimia belum tentu ekivalen, dapat digunakan untuk mempromosikan optimasi sifatbiologis obat.
nomor 4
dari artikel yang saya baca
a. ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
b. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.
Semakin besar ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O), terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya. Akibatnya jumlah total ikatan hidrogennya lebih besar daripada asam florida (HF) yang seharusnya memiliki ikatan hidrogen terbesar (karena paling tinggi perbedaan elektronegativitasnya) sehingga titik didih air lebih tinggi daripada asam florida.
Contoh : H20
c. Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
Konformasi Aktif :
1. Diadopsi ketika terikat dengan site target
2. identitas 3D pharmacophore
3. Banyak ikatan maka efikasi makin tinggi
saya akan mncoba mnjawab pertanyaan nomor 3
mnrt saya akan lebih mmpermudah jika di lihat dari tampilan 3D
Saya ingin menjawab pertanyaan nomor 2, yaitu :
Desain obat merupakan proses iterasi dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan lengkap tentang proses biokimia yang bertanggungjawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif (Leach, 2001). Kombinasi antara strategi mensintesis dan uji aktivitasnya menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat. Dengan kemajuan di bidang kimia komputasi, peneliti dapat menggunakan komputer untuk mengoptimasi aktivitas, geometri dan reaktivitas, sebelum senyawa disintesis secara eksperimental. Hal ini dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa yang membutuhkan waktu dan biaya mahal, tetapi senyawa baru tersebut tidak memiliki aktivitas seperti yang diharapkan. Keberadaan komputer yang dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi, memungkinkan ahli kimia komputasi medisinal menggambarkan senyawa obat secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi atas dasar kemiripan dan energi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi (pharmacophore query).
Casino Tournaments - Play Tournaments for Real Money
Top Casino Tournaments 예스 벳 for 우리 계열 Real Money: #1. Las 포커 스트레이트 Atlantis Casino Tournaments · #2. Bovada Casino Tournaments · 무료슬롯머신 #3. 포커 테이블 Bovada Casino Tournaments · #4. Slots of Vegas
Posting Komentar